Covid-19 : comment les chercheurs traquent les variants dans les eaux usées

Après avoir mis au point un indicateur pour suivre la circulation du coronavirus dans les eaux usées, les scientifiques du réseau Obépine développent une méthode pour y repérer les différents variants.

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 Deux fois par semaine, des prélèvements sont réalisés dans les eaux usées de 150 stations d’épuration pour suivre la circulation du coronavirus... et maintenant, de ses nouveaux variants.
Deux fois par semaine, des prélèvements sont réalisés dans les eaux usées de 150 stations d’épuration pour suivre la circulation du coronavirus... et maintenant, de ses nouveaux variants. LP/Aurélie Ladet

Les chercheurs du réseau Obépine, qui ont mis en place un réseau de détection du SARS-CoV-2 dans les eaux usées des stations d'épuration pour élaborer un indicateur de circulation du virus avant même que les malades soient dépistés, travaillent désormais à l'identification des variants du virus. «C'est un projet qu'on a activé très vite, dès le 15 décembre, parce qu'on sentait que ça allait devenir une urgence », explique le virologue à Sorbonne-Université Vincent Maréchal, cofondateur d'Obépine.

Covid-19 : comment les chercheurs traquent les variants dans les eaux usées

Aidés par le Conseil scientifique, ils ont donc «réactivé les compétences de séquençage» de l'équipe constituée d'une dizaine de chercheurs de la plate-forme de recherche Sorbonne Université - Eau de Paris, basée à Ivry-sur-Seine (Val-de-Marne). «Détecter un variant dans les eaux usées est beaucoup plus compliqué que de le faire chez un patient, résume-t-il. Mais le variant anglais présentant une mutation le différenciant des autres sera peut-être le plus facile à identifier.»

«C'est chercher une aiguille dans une meule de foin»

En Ile-de-France par exemple, la station d'Achères (Yvelines), plus grosse usine d'épuration d'Europe, nettoie les eaux usées de neuf des douze millions de Franciliens. «Le virus est très dilué et très mélangé. C'est donc chercher une aiguille dans une meule de foin», résume Vincent Maréchal.

Les chercheurs doivent faire face à deux difficultés majeures pour identifier les variants dans les eaux usées : «La concentration du virus y est beaucoup plus faible et on y trouve aussi une diversité de virus qui ont tous la même souche ancestrale, décrit Sébastien Wurtzer, microbiologiste virologue à Eau de Paris. Or, un variant est une combinaison de mutations dont certaines sont communes à différents variants : le variant anglais est caractérisé par deux mutations identifiées. Le Sud-africain n'a pas la première, il a la deuxième et une autre différente. L'idée globale : quand on séquence, on lit le génome par petites portions, et ensuite on les réassemble. Chez un patient, on ne trouve généralement qu'une seule souche. L'assemblage est donc assez évident.»

Un projet coûteux

Dans les eaux usées, c'est plus complexe : les différentes mutations cohabitent puisque les virus excrétés par une multitude de malades sont mélangés. «On ne pourra qu'estimer chaque mutation en pourcentage pour avoir une tendance évidente, mais pas de preuve formelle», poursuit Sébastien Wurtzer.

Une certitude : «Ce sera opérationnel, affirme le scientifique. On a déjà quelques retours mais c'est un peu prématuré de tirer des conclusions et dire à partir de quand un variant a commencé à circuler.»

La méthode devra ensuite être validée par Sorbonne université et Eau de Paris. Mais ce n'est pas la dernière étape, loin de là. Reste à savoir qui réalisera ces analyses. «Nous, on met au point la technique, rappelle Vincent Maréchal. On n'a pas les moyens financiers et les bras pour mettre en oeuvre le suivi régulier.»

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Actuellement, chacun des prélèvements réalisés deux fois par semaine dans les 150 stations d'épuration du réseau Obépine coûte 250 euros, «rien qu'en moyens techniques, sans compter la main d'œuvre», insiste Vincent Maréchal. Pour ce premier volet de son projet, Obépine a obtenu 3,5 millions d'euros du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche. Pour aller plus loin, il faudra que le budget suive.