Variants du Covid-19 : pourquoi la France est à la traîne sur le séquençage

La France analyse moins le génome complet du virus que ses voisins anglais ou suisses. Au risque de moins bien traquer le variant. Une montée en puissance est cependant prévue.

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 En 2020, la France a réalisé 3 000 séquençages du virus. L’Angleterre en a pratiqué 120 000.
En 2020, la France a réalisé 3 000 séquençages du virus. L’Angleterre en a pratiqué 120 000. LP/Jean-Baptiste Quentin

C'est une blague que Bernard Charpentier raconte, bien qu'elle ne fasse qu'à moitié rire le nouveau président de l'Académie de médecine. « Les sciences molles! c'est comme ça que la biologie médicale est surnommée. En face, il y a les dures, les vraies, celle des maths et des ingénieurs, ironise le professeur. Quand vous avez ça en tête, vous comprenez pourquoi le séquençage n'a jamais vraiment intéressé la France », s'exclame-t-il. Séquencer, c'est « faire parler » un génome complet, celui d'un humain ou celui d'un (corona) virus pour mieux le comprendre et voir comment il évolue. En somme, le traquer. En 2020, quand l'Angleterre pratiquait 120 000 de ces interrogatoires du Sars-Cov-2 - et découvrait ainsi son variant - l'Hexagone en menait moins de 3000. Bien moins aussi que l'Islande, la Suisse, la Corée du Sud.

« Ce retard n'est pas dû à un manque de capacités, tranche la professeure Mylène Ogliastro, vice-présidente de la Société française de virologie. Mais aujourd'hui, la mobilisation repose sur quelques laboratoires. Il n'y a pas de réel effort national de structuration. Un travail est amorcé. Heureusement, car sinon il sera impossible d'augmenter significativement le nombre de séquençage. Or, c'est ce qui nous permet de tracer l'histoire du virus, de donner son plan de circulation », explique la chercheuse.

Risque de pénurie

Une « montée en puissance » sur le séquençage, la chose a été promise par les autorités de santé. De combien? Comment? Quand? Nos questions à la Direction générale de la Santé (DGS) sont restées lettre morte. « Elle est en train d'être construite. Il faut arrêter de penser que l'on est mauvais en tout, les crises nous aident à voir ce qu'il manque », défend Jean-Michel Pawlotsky, le chef de la biologie médicale à Henri-Mondor (Val-de-Marne). Dans son laboratoire, il est passé de 200 analyses il y a quinze jours, à 600 la semaine dernière. Objectif : 1000 hebdomadaires.

« Il faudra des moyens financiers et humains », note-t-il quand même. Lui n'est pas sûr qu'il faille viser les chiffres britanniques. « Je préfère qu'il y en ait moins mais avec une politique efficace de détection et d'alerte. Les Anglais ont découvert le variant en septembre mais n'ont donné l'alerte qu'en décembre ! » En attendant, il a une autre préoccupation : une pénurie mondiale de réactifs pour les machines. « Il manque par exemple de ces petits cônes tout bêtes en plastique à 1 centime. Mais voilà, sans eux, la machine ultra-perfectionnée ne peut pas tourner ! »