Variant «californien» du coronavirus : beaucoup de craintes mais encore peu de certitudes

Ce dimanche, le président du Conseil scientifique Jean-François Delfraissy a mis la souche détectée en Californie dans le même panier que les variants anglais ou sud-africain. Un parallèle un peu prématuré.

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 Un centre de vaccination à Torrance en Californie.
Un centre de vaccination à Torrance en Californie. AFP

Ses prises de parole font régulièrement l'événement. Celle accordée dimanche à BFMTV n'a pas échappé à la règle. Le président du Conseil scientifique Jean-François Delfraissy a alerté de la « pandémie dans la pandémie » que représente la découverte ces dernières semaines de nombreuses versions mutantes du SARS-CoV-2.

« Les nouveaux variants anglais, sud-africains, brésiliens, et maintenant californiens changent complètement la donne depuis maintenant trois semaines », a affirmé le médecin français spécialisé en l'immunologie. Ces clones présentent « un facteur de transmission nettement plus élevé et accélèrent la transmission du virus ». Si ces observations ne font plus aucun doute concernant la plus forte contagiosité des deux premiers, il faut encore rester prudent sur les autres. Et notamment sur le variant dit californien. Explications.

Simple « coïncidence » avec la vague épidémique ?

Le premier message officiel remonte à sept jours. Le 18 janvier, des chercheurs du centre médical Cedars-Sinaï de Los Angeles informent de la détection d'un nouveau variant. C'est en partant à la traque de la souche anglaise dans les laboratoires qu'ils sont tombés sur une nouvelle combinaison de « cinq mutations récurrentes » dont une en commun avec celle anglaise. Son nom : « CAL.20C ». Ils l'avaient repéré une première fois en juillet dans les centres de séquençage, puis plus rien jusqu'en novembre. Désormais, il est majoritaire dans certaines zones.

Mais est-il plus contagieux, plus dangereux, plus résistant aux vaccins? Ou encore capable de contourner la réponse immunitaire? Aujourd'hui, on ne peut répondre à aucune de ces questions avec certitude. Seulement, la vague épidémique inédite frappant depuis décembre l'Etat de la côte Ouest suscite forcément beaucoup de craintes. « La prédominance de cette souche coïncide avec l'augmentation du taux de positivité observée dans cette région », indiquent les chercheurs californiens dans leur étude - qui n'a pas encore été validée par les pairs. Ils se montrent notamment préoccupés par certaines mutations se situant au niveau de la protéine de surface « spike ». C'est par elle que les coronavirus entrent dans les cellules humaines, mais aussi elle que ciblent les anticorps générés par la vaccination.

Reste à confirmer que ce nouveau variant est directement responsable de cette explosion des contaminations. L'équipe de recherche « n'est pas sûre de ce que les nouvelles découvertes signifient en termes d'infectivité et de résistance aux anticorps », prévient Wenjuan Zhang, professeur assistant au département de pathologie moléculaire et de médecine de laboratoire, et principal auteur de l'étude. L'exhaustivité des échantillons doit être améliorée. Le généticien et biologiste américaine Trevor Bedford a en outre avancé sur Twitter l'hypothèse que ce variant aurait certes contribué à la poussée épidémique mais qu'il n'en serait pas à l'origine.

Une vague sur la pente descendante

Par ailleurs, la flambée de contaminations, de cas graves et de décès observée ces dernières semaines semble avoir atteint son pic la semaine dernière. Depuis, le nombre de tests positifs reflue nettement (voir graphique ci-dessus), en particulier dans la partie sud où le variant a été détecté en premier et représentait parfois mi-janvier entre 30 % et 50 % des génomes analysés. Mais difficile encore une fois de tirer de conclusions.

Variant «californien» du coronavirus : beaucoup de craintes mais encore peu de certitudes

Dans un sens comme dans l'autre, les différents facteurs d'explications (respect des gestes barrière, températures, fêtes de fin d'année…) sont souvent imbriqués. Selon NBC, ces signes d'amélioration vont tout de même pousser le gouverneur Gavin Newsom à alléger ce lundi les mesures de confinement mises en place depuis début décembre. « Nous voyons des signes prometteurs qui montrent que la Californie émerge lentement de la phase la plus intense de cette pandémie », a commenté Brian Ferguson, directeur adjoint de la communication de crise et des affaires publiques du bureau du gouverneur. À noter que le variant a depuis été découvert à New York et à Washington DC et même en Océanie.

Un travail de séquençage désormais indispensable

Cette suspicion autour du variant californien montre justement à quel point le séquençage et le partage des données obtenues s'avèrent cruciaux pour suivre au plus près l'évolution de la pandémie. Seulement, à l'image des campagnes de vaccination à travers le monde, les inégalités de moyens sont grandes d'un pays à l'autre. La Grande-Bretagne et le Danemark excellent dans ce domaine, mais pas la France par exemple.

Maria Van Kerkhove, responsable technique Covid-19 de l'OMS, a récemment qualifié d'« incroyable » le nombre de séquences partagées jusqu'à présent. Tout en déplorant qu'elles ne proviennent que d'une poignée de pays. « Améliorer la couverture géographique du séquençage est essentiel pour que le monde ait des yeux et des oreilles (braqués) sur les changements du virus », a-t-elle déclaré sur un forum en ligne.

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Cette mission s'avère d'autant plus essentielle qu'entre l'apparition d'un variant et son explosion dans la population, peuvent s'écouler plus de trois mois. Aux Etats-Unis comme en France, les instituts de recherches estiment que le variant britannique ne deviendra majoritaire qu'en mars. Ce délai est une « chance », faut-il savoir la saisir très rapidement.