Réinfections au Covid-19 : les variants remettent-ils en cause l’immunité ?

Les cas de réinfection se multiplient avec l’essor des variants. En France, un patient touché par la souche sud-africaine a connu des symptômes plus graves que lors de sa première infection au Covid-19.

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En cas général, lors d'une réinfection, le patient connaît des symptômes moins sévères que lors de la première infection. (Illustration)
En cas général, lors d'une réinfection, le patient connaît des symptômes moins sévères que lors de la première infection. (Illustration) LP/Arnaud Journois

Et si une première infection au Covid-19 ne nous protégeait pas contre une contamination par ses variants ? Un premier cas de réinfection par le variant sud-africain d’un patient ayant déjà contracté le Covid-19 a été relevé dans les Hauts-de-Seine. Alors que les variants se propagent, la question se pose. En France, la souche britannique pourrait avoir pris le dessus dès mars, alors que se développent en parallèle les variants brésilien et sud-africain.

Que sait-on sur les réinfections ?

Peut-on être contaminé deux fois par le Covid-19 ? Si elles sont rares, les réinfections existent. Elles ne sont toutefois que très rarement relevées, les symptômes lors d’une deuxième infection étant, selon plusieurs études, moindres voire inexistants. Le premier cas de réinfection, détecté en août à Hongkong, l’avait d’ailleurs été par hasard, le voyageur ayant dû produire un test pour voyager.

Mi-janvier, l’Afrique du Sud avait fait état de 4000 « réinfections potentielles ». La situation semble la même à Manaus, berceau du variant brésilien. Dans une étude publiée fin janvier dans The Lancet, une chercheuse relevait qu’en octobre, 76 % de la population avait déjà été infectée par la souche originelle du Covid-19. Mais force est de constater que malgré ce haut niveau de contaminations, le nombre de cas et d’hospitalisations a explosé en décembre puis en janvier à Manaus, à la faveur de la propagation du variant brésilien.

L’Organisation mondiale de la Santé (OMS), par la voix de Soumya Swaminathan, sa scientifique en chef, a d’ailleurs tiré vendredi la sonnette d’alarme : « Nous recevons actuellement des rapports faisant état de personnes réinfectées avec une nouvelle variante du virus, suggérant que les personnes qui ont déjà été infectées pourraient l’être à nouveau. » Olivier Véran, le ministre de la Santé, lors de sa conférence de presse jeudi, n’a pas dit autre chose : « Ils peuvent occasionner (NDLR : les variants brésilien et sud-africain) des réinfections chez des personnes ayant déjà contracté le Covid-19. »

Que sait-on du cas des Hauts-de-Seine ?

Le cas se trouvant actuellement à l’hôpital Louis-Mourier de Colombes (Hauts-de-Seine) sort de ce schéma type. En septembre, un patient arrive à l’hôpital. Il a 58 ans et a « des difficultés à respirer modérées ». Après quelques jours, il ressort en pleine forme et est testé négatif à deux reprises, comme le décrit l’étude publiée mercredi dans la revue Clinical Infectious Diseases. En janvier, 129 jours après sa première infection, ce patient est de nouveau admis à l’hôpital, mais son état est plus sévère et il doit être placé sous respirateur artificiel. Le résultat tombe : il est positif au variant sud-africain.

« C’est une réinfection qui amène à une forme plus grave que lors de la première infection », décrit, auprès du Parisien, le professeur Jean-Damien Ricard, chef du service de réanimation de Louis-Mourier. « Cela peut être lié à une plus grande virulence du variant sud-africain – bien que celle-ci n’ait pas été clairement établie à ce jour –, mais il est également possible que le patient possède une susceptibilité particulière aux infections virales », précise Fabrice Uhel, médecin réanimateur, qui a rédigé l’étude avec Noémie Zucman.

Le patient est aujourd’hui toujours en réanimation, dans un « état sérieux ». « On n’a pas une forme plus grave que ce qu’on a avec les autres patients Covid, signale toutefois Jean-Damien Ricard. La prise en charge reste la même. » La famille a donné son accord pour publier cette étude concernant ce cas, afin de faire avancer la recherche.

Qu’en est-il de l’immunité naturelle ?

Ces cas de réinfection ajoutent d’autres questions à toutes celles qui se posent déjà sur l’immunité naturelle. L’organisme, une fois confronté à un virus, développe des anticorps afin de se prémunir contre une infection future : on parle d’une « immunité naturelle ». Mais pour l’heure, on ignore ce qu’il en est réellement avec le Covid-19. « On sait juste que tout le monde n’a pas une immunité parfaite avec le virus », explique Jean-Damien Ricard.

D’abord en juin, puis en novembre, des chercheurs ont réalisé des prélèvements sur les soignants du CHU de Toulouse (Haute-Garonne). Dans une étude publiée fin janvier, ils révèlent que parmi les 3 % qui possédaient des anticorps contre le Covid-19 lors du premier prélèvement, moins de 2 % faisaient état d’une réinfection lors du second. Un nombre minime qui fait dire aux chercheurs que l’immunité naturelle dure au moins six mois, rejoignant d’autres études. Mais il est là question… de la souche originelle du Covid-19.

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« Il existe des milliers de variants du SARS-CoV-2, car le virus mute de façon fréquente, explique Fabrice Uhel. Parmi ceux-ci, des variants dits préoccupants qui possèdent des mutations ciblant en particulier la protéine Spike, qui permet au virus d’interagir avec l’organisme. Ces mutations donnent alors certains avantages au virus : il devient plus contagieux, plus virulent, voire capable de contourner les défenses immunitaires… » Les mutations du virus peuvent-elles être importantes au point de ne pas être reconnues par les anticorps ? « C’est une hypothèse », explique Jean-Damien Ricard.

Le variant britannique tel qu’on le connaît a, a priori, très peu muté et reste reconnu par les anticorps. Les variants sud-africain et brésilien, eux, ont subi des mutations plus importantes avec notamment une mutation (appelée E484K) qui semble capable de diminuer la reconnaissance du virus par l’organisme. « En tant que tel, la mutation aide le virus à contourner la protection immunitaire fournie par une infection ou une vaccination antérieure », prévenait déjà, début janvier, François Balloux, de l’University College de Londres auprès de Science Media Centre. Le variant britannique, depuis sa première découverte, aurait pu hériter de cette même mutation.

Quel impact sur la vaccination ?

L’Afrique du Sud a suspendu sa campagne de vaccination, décidant de ne pas utiliser le vaccin AstraZeneca sur lequel des doutes planent concernant son efficacité sur le variant sud-africain. Dans une étude publiée le 7 février, l’Université de Witwatersrant, à Johannesburg, signalait que le vaccin n’offrait qu’une « protection limitée contre les formes modérées de la maladie dues au variant sud-africain, chez les jeunes adultes ».

Pensé avec la souche originelle du Covid-19, le vaccin viserait un virus avec une carte d’identité qui n’est plus tellement la sienne, tant les mutations l’auraient transformé : les anticorps du vacciné ne reconnaîtraient donc pas le variant sud-africain. AstraZeneca travaille déjà pour proposer une deuxième version de son sérum. La plupart des autres fabricants de vaccins ont déjà dit que leur vaccin fonctionnait contre les variants, mais pouvait être un peu moins efficace.

Lors de sa conférence de presse, jeudi, Olivier Véran a indiqué que parmi les nouvelles contaminations en France, 4 à 5 % étaient des contaminations dues aux variants sud-africain et brésilien. En Moselle, plus de 400 cas du variant sud-africain ont été détectés. Interrogé sur un éventuel changement de braquet vis-à-vis de la campagne de vaccination, le ministre de la Santé avait répondu « non ». « Il y a peu de données de scientifiques à ce stade qui permettent de juger si les vaccins sont réellement moins efficaces sur ces variants », a-t-il expliqué.

« La description du cas de ce patient doit inciter à pousser plus loin les investigations afin de savoir dans quelle mesure les vaccins, ou une infection préalable, confèrent une protection efficace contre les nouveaux variants », explique Fabrice Uhel, qui rappelle l’importance des gestes barrière, « y compris si on a déjà fait une infection Covid ». Jean-Damien Ricard appelle, lui, à « investiguer davantage » pour voir si son patient est un cas unique ou non. Et au professeur d’insister : « Il n’y a pas encore énormément de patients avec des cas de réinfection. »