Covid-19 : à partir de quand la mutation d’un virus devient-elle un variant ?

Depuis quelques mois, les termes «variant» et «mutation» reviennent sans cesse lorsqu’il est question du coronavirus. Mais quelle est la différence entre ces deux notions ?

Lorsqu'un virus compte plusieurs mutations favorables par rapport à sa version originale, on l'appelle un variant.
Lorsqu'un virus compte plusieurs mutations favorables par rapport à sa version originale, on l'appelle un variant. LP/ Jean-Baptiste Quentin

Ce vocabulaire s’est invité dans notre quotidien. Depuis un an - et encore plus ces derniers mois - les termes « mutation » et « variant » sont régulièrement associés au Covid-19. S’ils semblent proches, presque synonymes, ils représentent en fait deux notions différentes.

Pour les comprendre, il faut revenir aux fondamentaux. Lorsqu’un virus se réplique dans un hôte, il copie son génome, qui est constitué de 30 000 petites briques élémentaires, appelées les nucléotides. Au cours de cette action, « de façon quasiment systématique, il introduit des erreurs, avec une fréquence d’environ une erreur par génome copié. Ces erreurs sont à l’origine des mutations », nous explique Yves Gaudin, virologue à l’institut de biologie intégrative de la cellule à Paris-Saclay et directeur de recherche au CNRS.

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Des mutations, il en survient donc en permanence. En général, il s’agit d’un changement unique et très local. Il peut d’ailleurs n’avoir absolument aucun impact. Mais il arrive que la mutation se traduise par « des changements dans les protéines du virus », poursuit le virologue. Or, ce sont les protéines qui permettent au virus de fonctionner.

Trois types de mutation

Trois cas de figure se présentent alors. Cette mutation peut créer « une machinerie moins efficace et, dans ce cas, elle n’est pas sélectionnée », entame Yves Gaudin. Elle disparaît donc presque aussi vite qu’elle est arrivée. La mutation peut aussi être neutre : elle ne présente ni avantage particulier pour le virus ni désavantage. Elle n’est donc pas éliminée. Et, de temps en temps, « on a une mutation qui favorise un petit peu la contagiosité du virus, son caractère infectieux », décrit le directeur de recherche. Dans ce cas, elle est sélectionnée.

Ce n’est que lorsqu’il y a « une accumulation de mutations favorables » - par exemple, permettant au virus de se transmettre mieux dans la population - qu’on parle d’un variant. « Il faut donc qu’il y ait non pas un seul, mais plusieurs changements » pour que ce terme soit utilisé, poursuit-il.

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Et quand un variant cumule un nombre vraiment très important de mutations, il devient « tellement différent du virus de départ - en termes de propriétés, de pathogénie, de transmission, de réponse immunitaire - qu’on parle alors de souches distinctes », complète Yves Gaudin.