Risques de pandémies : les rats d’élevage, inquiétant réservoir à virus

Des chercheurs ont découvert la trace de pathogènes potentiellement dangereux pour l’homme et encore inconnus, après avoir analysé l’ADN de 3000 rongeurs.

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 La mise en élevage de rats sauvages fait craindre aux scientifiques l’émergence de nouvelles maladies infectieuses pour l’homme.
La mise en élevage de rats sauvages fait craindre aux scientifiques l’émergence de nouvelles maladies infectieuses pour l’homme. Visual Press Agency

Quel est le point commun entre la fièvre hémorragique Chapare qui a causé la mort d'au moins trois Boliviens fin 2020, l'hépatite E qui vient d'infecter plusieurs habitants d'Hongkong et le virus Séoul, un hantavirus mortel pour les humains? Ils ont tous pour origine des rats. Systématiquement associés aux maladies qu'ils transmettent, ils viennent de faire l'objet d'une étude internationale inédite qui fait froid dans le dos tant les scientifiques ont découvert des virus encore inconnus dans le patrimoine génétique des rongeurs.

Pendant douze ans, de 2006 à 2018, les chercheurs ont collecté les échantillons de tissus pulmonaires de 3284 rats, en Thaïlande, au Laos et au Cambodge. Après avoir séquencé l'ADN des virus qu'ils portaient en eux, les scientifiques sont tombés des nues.

Des découvertes qui font froid dans le dos

« Nous avons retrouvé des virus déjà connus, notamment des hantavirus, des mammarenavirus ou des coronavirus, et confirmé le rôle de réservoirs de certaines espèces, explique Serge Morand, écologue de la santé au Cirad (Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement) et coauteur de l'étude qui vient d'être publiée dans la revue « Microbiome ». Mais nous avons également découvert de nouveaux virus, sources potentielles de maladies infectieuses pour l'être humain. »

Les chercheurs s'inquiètent d'autant plus qu'ils constatent une augmentation des élevages d'animaux sauvages en Asie du sud-est. Certaines espèces de rats des rizières sont par exemple appréciées pour leur viande et sources de revenus complémentaires pour les habitants qui les capturent. Or ces exploitations, notent les experts, souvent « familiales et de petite taille, travaillent dans de mauvaises conditions sanitaires et éthiques et ne bénéficient pas du suivi vétérinaire nécessaire. » Les rongeurs se retrouvant stressés par l'enfermement, leur réponse immunitaire s'amenuise.

Risques de pandémies : les rats d’élevage, inquiétant réservoir à virus

Une fois maintenus en cage, ces anciens rats sauvages se retrouvent en contact avec d'autres animaux et les humains qui les manipulent. Ce qui fait craindre aux chercheurs « des risques importants de débordement d'agents pathogènes et d'émergence de maladies infectieuses ».

Des précédents dont on n'a pas tiré les leçons

Ce n'est d'ailleurs pas un hasard si les experts de l'OMS viennent de se rendre à Wuhan, premier foyer connu de l'épidémie de SARS-CoV2 pour tenter de déterminer l'origine du Covid-19. Car c'est au cœur du marché Huanan, qui vend des animaux vivants comme des porcs-épics, des hérissons, des civettes mais aussi des rats de bambou, que les autorités chinoises ont détecté il y a un an les premiers cas humains de coronavirus.

« La mise en élevage des animaux sauvages apparaît bien plus dangereuse que la consommation de viande issue de la chasse », souligne Serge Morand. Les scientifiques rappellent que l'émergence du Sras en Chine en 2002, dont l'agent infectieux était passé de la chauve-souris à l'humain par l'intermédiaire de la civette, correspondait à une période de forte mise en élevage de cet animal sauvage dans plusieurs régions chinoises. « Ce précédent, qui aurait dû servir d'exemple, n'a pas empêché l'essor récent de fermes d'animaux sauvages en Asie du sud-est », déplore l'équipe de chercheurs.