Covid : origines, efficacité des vaccins... 12 questions pour comprendre les variants

L’apparition de variants britannique, sud-africain et brésilien inquiète les médecins car ces souches mutantes s’avèrent parfois plus contagieuses et moins sensibles aux vaccins.

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 La France est confrontée à la progression des variants dans plusieurs départements, comme la Moselle, et craint l’apparition de nouveaux foyers.
La France est confrontée à la progression des variants dans plusieurs départements, comme la Moselle, et craint l’apparition de nouveaux foyers. Istock

« Sursis », « vigilance armée »… c'est un champ lexical guerrier qu'a utilisé ce lundi l'infectiologue Didier Pittet pour résumer la situation actuelle de la France face à l'épidémie de coronavirus. Alors que le nombre de malades en réa est passé vendredi pour la première fois en cinq jours sous la barre des 3300, la présence de ces virus mutants inquiète au plus haut point les médecins.

Déjà confrontées à la progression des variants dans la région de Dunkerque (Nord) et la Moselle, les autorités sanitaires craignent désormais l'apparition de nouveaux foyers dans d'autres départements. Une opération de dépistage du Covid-19 a ainsi été lancée lundi dans six Ehpad de Dordogne pour « casser la chaîne de transmission du virus », après la découverte de 160 cas de contamination aux souches dites sud-africaine et brésilienne. Des virus à la fois plus contaminants et parfois plus résistants aux vaccins.

1. Quand le premier variant a-t-il fait parler de lui ?

C'est, dans le Kent, au sud de l'Angleterre, que le clone britannique a été détecté et que les autorités locales ont lancé l'alerte juste avant Noël. « En séquençant ce virus mutant, les Britanniques ont détecté huit mutations au niveau de la protéine Spike ( NDLR : la clé qui permet au SARS-CoV2 de pénétrer dans nos cellules ) et ont parallèlement fait le rapprochement entre la présence de ce variant et l'augmentation des contaminations dans le Kent, explique Anne-Claude Crémieux, professeure en maladies infectieuses à l'hôpital Saint-Louis à Paris. Là où il devenait majoritaire, l'épidémie flambait. »

2. Un variant français, est-ce possible ?

« De nombreux variants français ont déjà été identifiés par les laboratoires de séquençage du virus mais l'important est que cela ne devienne pas un variant qui justifie que l'on parle de lui », résume l'épidémiologiste Pascal Crépey. En d'autres termes, un variant considéré comme plus dangereux que les autres. « La mutation, d'un virus ou de tout être vivant, résulte toujours du fruit du hasard, précise François Renaud, chercheur du CNRS au centre IRD de Montpellier et spécialiste des maladies infectieuses. Il est donc scientifiquement impossible d'anticiper avec certitude l'apparition d'un nouveau variant à partir d'un autre. »

Centre de biologie et de pathologie de lhôpital de la Croix Rousse, Lyon, le 11 janvier. Un technicien prépare le séquençage du génome du virus./LP/ Jean-Baptiste Quentin
Centre de biologie et de pathologie de lhôpital de la Croix Rousse, Lyon, le 11 janvier. Un technicien prépare le séquençage du génome du virus./LP/ Jean-Baptiste Quentin  

3. Pourquoi se développent-ils parfois très loin de leur lieu de découverte ?

Cela s'explique principalement par les déplacements de personnes infectées. « L'apparition du mutant sud-africain à la Réunion est documentée, assure Patrick Mavingui, directeur du laboratoire Processus infectieux en milieu insulaire tropical Pimit à Saint-Denis (La Réunion). Une équipe de football d'Afrique du Sud est d'abord venue à Mayotte, puis la contamination s'est ensuite poursuivie à la Réunion. Il peut également exister des cas de mutations convergentes, c'est-à-dire qui interviennent au même moment à des endroits différents, comme cela s'est déjà passé pendant les épidémies du virus Zika ou de dengue. »

4. Détecte-t-on systématiquement l'apparition d'un variant ?

Ce n'est pas simple car il faudrait procéder au séquençage de l'ADN du virus pour chaque nouveau patient infecté. « Les Britanniques sont ceux qui séquencent le plus le virus en Europe mais cette opération n'est pas systématique et elle se fait sur des échantillons, explique Pascal Crépey. Un laboratoire peut analyser 300 à 500 échantillons par jour mais on est loin de pouvoir le faire sur les 20000 personnes qui sont contaminées quotidiennement. »

5. D'autres souches ont-elles été découvertes ?

« Des variants, il en apparaît tout le temps et dans tous les pays, certifie Pascal Crépey. On a d'ailleurs parlé à un moment d'un variant danois transmissible par les visons et un autre variant a aussi été identifié en Californie. Mais ce qui pose problème, c'est lorsqu'un variant a des caractéristiques qui lui procurent un avantage par rapport aux autres. » Soit parce qu'il a une capacité à se lier plus facilement à nos cellules, que la mutation lui permet d'être moins rapidement détecté par notre système immunitaire ou qu'il soit plus résistant aux vaccins. Les mesures de contrôle de l'épidémie ont aussi un impact sur l'émergence d'un variant. « En Afrique du Sud et au Brésil, quand ces variants sont apparus, la circulation virale n'était pas très bien contrôlée, souligne Pascal Crépey. Comme beaucoup de gens étaient touchés, c'était autant d'opportunités pour le virus de muter et d'infecter encore d'autres personnes. » Une sorte de cercle vicieux.

6. Pourquoi les appelle-t-on anglais, brésiliens ou sud-africains ?

C'est en référence au pays dans lequel le variant a été identifié pour la première fois. Entre eux, les scientifiques leur donnent un nom de code : le variant brésilien est par exemple dénommé 20J-501Y-V3 quand celui détecté en Afrique du Sud s'appelle 20H-501Y-V2. « Tout le monde parle du variant anglais mais les Britanniques, eux, l'appellent le variant du Kent car il a été identifié dans cette région du sud-est de l'Angleterre », explique Anne-Claude Crémieux. Demain, un variant français pourrait donc être mis au jour et dénommé comme tel par les médecins à travers le monde. C'est d'ailleurs une des craintes du microbiologiste Patrick Mavingui. « Avec l'explosion des variants anglais et sud-africains, qui représentent jusqu'à 50 % des séquençages réalisés aujourd'hui à la Réunion, l'apparition d'une nouvelle mutation propre à l'île n'est pas un scénario inimaginable. Cette éventualité serait d'ailleurs dramatique en cas de virus mutant tout aussi contagieux mais provoquant également davantage de cas graves de la maladie. »

7. Pourquoi inquiètent-ils autant ?

« Dans le cas du variant anglais, on a constaté que sa transmissibilité était supérieure à celle des souches précédentes, de l'ordre de 30 à 50 %, observe Anne-Claude Crémieux. Cette inquiétude n'a fait que se renforcer avec le virus sud-africain qui est non seulement plus transmissible mais peut avoir un impact sur l'immunité naturelle des patients qui ont déjà été contaminés une fois ou sur l'immunité conférée par les vaccins. » Les médecins parlent entre eux « d'échappement immunitaire ». « C'est ce qui explique que l'Afrique du Sud constate un nombre plus important de réinfections, souligne l'épidémiologiste. Les Britanniques viennent par ailleurs de publier une nouvelle étude sur le variant anglais qui pourrait être associé à une augmentation du risque d'hospitalisation et de décès. »

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8. Le variant anglais va-t-il devenir majoritaire en France ?

« Sa présence augmente d'environ 50 % par semaine et il sera probablement majoritaire en France début mars, avance Anne-Claude Crémieux. Il faudra peut-être alors intensifier les mesures de freinage de l'épidémie comme les Britanniques l'ont fait dans le Kent et le sud de l'Angleterre ».

9. Y a-t-il aussi chaque année des variants de la grippe ?

Oui. « On sait que la grippe saisonnière subit chaque année de petites variations antigéniques qui peuvent affecter l'efficacité des vaccins, explique Anne-Claude Crémieux. Mais on sait mesurer ces variations en laboratoire et les fabricants de vaccins modifient en conséquence tous les ans leur produit en tentant d'anticiper quelle souche dominante circulera l'hiver prochain. » Le dernier vaccin proposé pour la grippe a ainsi été conçu pour lutter contre quatre souches différentes du virus.

10. Les vaccins sont-ils moins efficaces face aux mutants ?

Certains vaccins ont effectivement moins d'effets. « C'est le cas pour celui d'AstraZeneca. Normalement, son efficacité est de 60 à 70% mais elle semble fortement réduite face au variant sud-africain, affirme Anne-Claude Crémieux. Le vaccin Johnson & Johnson est, lui, efficace à 72% aux Etats-Unis mais seulement à 57% en Afrique du Sud. » « Notre espoir, confie l'infectiologue, est que la plupart des vaccins restent efficaces contre les formes sévères du virus. D'où l'importance d'aller vite sur la deuxième injection qui augmente le taux d'anticorps permettant de neutraliser le virus. »

Le vaccin d’AstraZenecca semble avoir une efficacité réduite face au variant sud-africain. /Reuters/Henry Nicholls
Le vaccin d’AstraZenecca semble avoir une efficacité réduite face au variant sud-africain. /Reuters/Henry Nicholls  

11. L'épidémie pourra-t-elle s'arrêter un jour ?

La spécialiste estime que le Covid-19, un peu comme la grippe saisonnière, pourrait demeurer une menace permanente. « Mais les laboratoires ont déjà anticipé le fait qu'ils devraient adapter leurs vaccins à des souches différentes, explique-t-elle. Pour l'instant, nous n'avons pas eu de mauvaises surprises en termes de sécurité autour de ces vaccins et je pense qu'on a fait l'essentiel du chemin pour battre ce virus. »

12. Qu'ignore-t-on des variants et du virus ?

« Nous ignorons encore beaucoup de choses sur ce virus qui permettraient de mieux le combattre », explique François Renaud. Et le chercheur d'énumérer les mystères qu'il reste à lever : « Quelle charge virale est nécessaire pour infecter une personne ? Quelle est la résistance exacte de ce virus à l'extérieur du corps humain et ses réactions exactes face aux changements de température ? A des niveaux d'humidité différents ou à l'exposition aux rayonnements des ultraviolets et degrés d'ensoleillement ? » François Renaud a enfin deux questions en suspens : quelle charge virale expulse un patient infecté et quelle est la durée exacte de sa contagiosité ?. «Nous savons que certaines personnes développent des cas graves post-infection et qu'elles n'expulsent plus, ou très peu, le virus une fois admises en réanimation, explique-t-il. Comprendre ce processus permettrait d'en savoir plus sur les cas, très nombreux, de personnes asymptomatiques. D'ailleurs, un porteur asymptomatique expulse-t-il plus ou moins de particules virales ? »