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Covid-19 : pourquoi les bilans quotidiens sont de moins en moins fiables ?

La remontée des résultats de dépistages traîne de plus en plus. Une conséquence des embouteillages observés dans les laboratoires ces dernières semaines.

 Test PCR réalisé le 16 septembre à Villennes-sur-Seine (Yvelines).
Test PCR réalisé le 16 septembre à Villennes-sur-Seine (Yvelines). LP/L.M.

Dans son point sur la situation daté du mercredi 2 septembre, la Direction générale de la Santé mentionnait « 7 017 cas » supplémentaires relevés sur les dernières 24 heures. Près d'un mois plus tard, les données puisées du même système, baptisé SI-DEP, affichent pour la même date 8 913 personnes testées positives. Une différence de 27 % donc, imputable aux retards de remontées de l'information émanant des laboratoires de dépistage.

Quelle est l'ampleur de ce décalage ? Depuis quand le fossé se creuse-t-il entre les bilans quotidiens et la réalité de terrain ? Quels départements sont les plus concernés ? Qu'est ce qui pêche dans le parcours de l'information ? Éléments d'explication, avec Julien Durand, chargé d'étude au département data de Santé publique France, qui a répondu à nos questions.

Mi-septembre, près d'un quart des résultats de tests manquaient à l'appel

Du 7 au 13 septembre 2020, les parutions quotidiennes faisaient état de 805 693 tests effectués sur la semaine. Une analyse rétrospective montre que 1 121 928 tests ont en fait été effectués au cours de cette période. Sur l'ensemble de la semaine, ce sont plus de 26 % des tests mentionnés par les autorités sanitaires qui manquaient à l'appel.

Covid-19 : pourquoi les bilans quotidiens sont de moins en moins fiables ?

« Les délais de remontée des résultats de tests se sont effectivement allongés ces dernières semaines » observe Julien Durand. Mi-juillet, les bilans quotidiens étaient quasiment exhaustifs, ils couvraient plus de 96 % des tests effectués selon nos estimations. La machine a commencé à se gripper début août. Un calendrier qui concorde avec l'explosion du dépistage dans le pays : « Le nombre de tests effectués sur le territoire a quasiment doublé au cours du mois d'août » se rappelle le chargé d'étude.

La machine n'est pas grippée dans tous les départements

Selon nos observations, de fortes disparités existent entre les territoires. Par exemple, dans le Tarn, moins du tiers des résultats de tests effectués le 14 septembre ont été publiés le 17 septembre, ou encore 37 % dans le Calvados et 40 % dans l'Oise.

Covid-19 : pourquoi les bilans quotidiens sont de moins en moins fiables ?

Un manque de réactivité qui n'a pas toujours à voir avec le volume de tests effectués, les grandes métropoles étant les plus gourmandes en réactifs. « Outre les dispositifs d'analyse classiques, certains grands hôpitaux publics sont équipés de machines à grande capacité (MGI), commandées exprès pour gérer la crise. Mais il n'en existe qu'une vingtaine sur le territoire, dans certains hôpitaux publics des principales métropoles et au moins une par région » pointe Julien Durand.

Un retard imputable aux bouchons dans la chaîne de dépistage

Ceux qui ont souhaité se faire dépister ces dernières semaines l'ont certainement remarqué : décrocher un rendez-vous dans un laboratoire pouvait ressembler à un parcours du combattant. Ces embouteillages ne sont que la partie immergée de l'iceberg. Dans les coulisses, la chaîne de transmission de l'information a effectivement été grippée par un certain nombre de grains de sable.

Le premier bouchon, invisible du trottoir, se situe entre le test et son analyse. « Les prélèvements sont envoyés dans des laboratoires. Ils ne sont pas toujours disponibles instantanément. De plus, des réactifs peuvent être amenés à manquer, les prélèvements sont donc transmis à d'autres établissements sous-traitants, ce qui peut allonger les délais ».

Le second bouchon se situe au niveau de l'analyse elle-même, de la disponibilité des machines. « C'est à ce niveau que les machines à grande capacité sont déterminantes ».

Le dernier bouchon a lieu entre le résultat et sa saisie dans le système. « Les effectifs de secrétariat dans les laboratoires n'ont pas autant augmenté que le nombre de résultats à saisir » remarque Julien Durand. Avant de préciser qu'une fois saisis, les résultats remontent instantanément dans le système d'information SI-DEP.

Ce système a été développé entre mi-mars et fin mai 2020. « Un record absolu » se félicite le chargé d'étude, « le manque de réactivité ne vient pas du système informatique, mais bel et bien de la chaîne de transmission des résultats en amont » abonde le spécialiste.

Un impact sur le suivi de l'épidémie au jour le jour

Ce retard n'est pas sans conséquence sur le pilotage de la situation sanitaire. Ce défaut de réactivité fausse les chiffres s'ils sont pris au jour le jour. « C'est pourquoi nous communiquons sur des chiffres d'incidence sur une semaine entière » souligne Julien Durand. Et de fait, si l'incidence était calculée au jour le jour, on observerait une baisse artificielle de la courbe.

« Il devrait y avoir une meilleure réactivité dans les prochaines semaines. La chaîne d'analyse est de plus en plus rodée, et la priorisation des tests devrait avoir un impact visible rapidement ». En effet, les autorités ont précisé mi-septembre que les personnes présentant des symptômes, ainsi que les détenteurs d'ordonnance sont désormais privilégiés et sont placés au-dessus de la pile.