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Covid-19 : pourquoi l’arrivée des tests antigéniques a faussé certains indicateurs

Ces tests, disponibles depuis la fin du mois d’octobre, ne sont pas en encore pris en compte dans le calcul du taux d’incidence. Celui-ci est en réalité supérieur de 10 % au nombre affiché. Décryptage.

 De nombreuses pharmacies, comme ici rue Montorgueil (Paris IIe), ont monté des tentes pour pratiquer des tests antigéniques.
De nombreuses pharmacies, comme ici rue Montorgueil (Paris IIe), ont monté des tentes pour pratiquer des tests antigéniques. LP/Guillaume Georges

On le pressentait, c'est désormais confirmé. Les tests antigéniques ne sont pas encore pris en compte dans le calcul des différents indicateurs liés au dépistage, qui se retrouvent artificiellement minorés. Le taux d'incidence réel est, par exemple, supérieur de 10 % à celui affiché aujourd'hui. Si cela atténue le recul de l'épidémie observé sur les courbes des nouveaux cas ces derniers jours, celui-ci reste bien réel.

Pour comprendre, il faut tout d'abord rappeler ce que sont les tests antigéniques. Présentés comme une révolution indispensable pour tester davantage la population et permettre un contrôle de l'épidémie de Covid-19, ils permettent d'avoir un diagnostic en seulement 15 à 30 minutes, au lieu de plusieurs jours avec un test RT-PCR. Ils sont déployés en France depuis le mois d'octobre, d'abord lors d'expérimentations (dans des Ehpad, par exemple) puis en pharmacie pour le grand public. Sur 22 000 officines installées aux quatre coins du territoire, 4000 pratiquent déjà des tests antigéniques et ce nombre pourrait grimper à 10 000 dans les prochaines semaines, selon les chiffres que nous livre Philippe Besset, le président de la Fédération des syndicats pharmaceutiques de France.

Moins sensibles que les RT-PCR, les tests antigéniques sont réservés en priorité aux personnes symptomatiques « dans un délai inférieur ou égal à 4 jours après l'apparition des symptômes », et pas aux simples cas contact. « L'idée est de détecter très vite, idéalement avant qu'ils soient très symptomatiques, les individus très contaminants afin qu'ils s'isolent », explique le médecin généraliste Yvon Le Flohic.

Près de 290 000 tests antigéniques en novembre

Il a longtemps été très compliqué d'en dresser un bilan, faute de chiffres précis communiqués par les autorités. « Pour la première fois, nous comptabilisons les résultats des tests antigéniques, qui s'élèvent à 32 935 tests positifs détectés depuis début novembre », a fini par indiquer ce mardi le Directeur général de la santé, Jérôme Salomon. Mais il n'a pas apporté de précisions temporelles ou géographiques. La Direction générale de la santé nous indique de son côté que « près de 290 000 tests antigéniques ont été réalisés par les professionnels de santé autorisés (médecins, pharmaciens, infirmiers) depuis le début du mois de novembre ».

Comme souvent, c'est dans le point épidémiologique hebdomadaire de Santé publique France, publié chaque jeudi soir, que l'on a découvert le plus d'informations. Celui mis en ligne ce jeudi 19 novembre nous apprend qu'un total de 35 812 cas positifs par test antigénique a été recensé au 18 novembre. En semaine 46 (du 9 au 15 novembre), 182 783 nouveaux cas ont été enregistrés, dont 166 577 par RT-PCR. La différence donne donc 16 206 cas confirmés par test antigénique, soit environ 10 % de ceux par RT-PCR.

Covid-19 : pourquoi l’arrivée des tests antigéniques a faussé certains indicateurs

On l'a dit, ce 10 % n'est pas pris en compte dans le taux d'incidence, correspondant au nombre de cas pour 100 000 habitants. Comme l'indique Santé publique France, au lieu d'avoir un taux de 248 tel qu'affiché sur sa base de données Géodes, celui-ci est en réalité de 272. La différence est encore plus flagrante dans certaines régions. En Île-de-France, qui regroupe 29 % des cas confirmés par test antigénique en semaine 46, l'incidence est sous-estimée de 19 % (203 vs 241).

Covid-19 : pourquoi l’arrivée des tests antigéniques a faussé certains indicateurs

De quoi accentuer artificiellement la baisse du nombre de nouveaux cas et donc du taux d'incidence. Néanmoins, comme l'écrit Santé publique France, « la prise en compte des tests antigéniques n'a pas modifié la tendance qui reste globalement à la diminution entre les semaines 45 et 46 ». Autrement dit, et comme nous l'avions déjà expliqué lundi, le nombre réel de contaminations baisse réellement depuis tout début novembre, mais un peu moins que ce qu'indiquaient les chiffres.

« Un chemin de croix informatique »

Expliquons à présent pourquoi les tests antigéniques ne sont pas encore pris en compte dans le calcul de l'incidence. Depuis ce lundi 16 novembre, les pharmaciens doivent en théorie remplir eux-mêmes le fichier Si-Dep, qui regroupe déjà depuis mai dernier tous les tests RT-PCR. Jusque-là, les tests antigéniques n'étaient pris en compte que dans un autre fichier, ContactCovid, utilisé par l'Assurance-maladie afin de réaliser le traçage des cas et de leurs contacts. « Le tracing a eu lieu, aucun cas confirmé ne nous a échappé », certifie une source au cœur du dossier. L'Assurance-maladie a ensuite transmis le nombre de cas confirmés par test antigénique à Santé publique France, qui s'en est servie dans son bulletin épidémiologique.

L'agence sanitaire note d'ailleurs qu'il faut interpréter ses données « avec prudence ». En effet, il « n'est pas possible à ce stade d'identifier les patients ayant un test RT-PCR positif et un test antigénique positif » - mais ce cas de figure est « rare » -, ni « d'évaluer l'exhaustivité de la remontée des tests antigéniques dans la base ContactCovid ».

Rentrer les résultats des tests antigéniques dans Si-Dep s'avère être un sacré casse-tête pour nombre de pharmaciens. « C'est un chemin de croix informatique et ce n'est pas si simple d'obtenir les bons identifiants », fulmine Philippe Besset. Le président de la FSPF indique qu'en deux jours (lundi et mardi), seuls un quart des pharmaciens pratiquant des tests antigéniques avaient obtenu accès à Si-Dep.

Voilà pourquoi il faudra encore attendre un peu afin que les tests antigéniques soient exploités directement via Si-Dep. « Nous prendrons bientôt compte de ces tests antigéniques dans le calcul de tous les indicateurs plus fins », a indiqué le ministre de la Santé, Olivier Véran, ce jeudi soir en conférence de presse. Santé publique France indique que cela interviendra « prochainement », sans plus de précisions. Même flou du côté de la Direction générale de la Santé, qui précise que le ministère « disposera prochainement en propre, via un retraitement des données saisies dans SI-Dep, du nombre de tests antigéniques réalisés à l'échelle régionale ».

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« C'est un peu le bordel, on ne sait pas très précisément où en est l'épidémie du coup », commente Yvon Le Flohic, qui officie dans les Côtes-d'Armor. Son département a la chance d'être relativement épargné par la seconde vague, et les délais de validation des tests RT-PCR y sont moins élevés que dans les grandes métropoles. Du coup, peu de tests antigéniques y sont encore réalisés. « On n'avait moins d'urgence pour se lancer », sourit le médecin.