AbonnésSociété

Covid-19 : comment est calculé le fameux nombre «R» (et comment il faut le lire)

Cet indicateur, permettant d’estimer le nombre de personnes qu’un individu va contaminer en moyenne, est utilisé par des élus marseillais qui dénoncent les nouvelles restrictions imposées par le gouvernement.

 Le nombre de reproduction peut être calculé à partir du nombre de nouveaux cas.
Le nombre de reproduction peut être calculé à partir du nombre de nouveaux cas. LP/Paul Lemaire

Parmi les indicateurs de l'épidémie de Covid-19, il est assurément l'un de ceux les plus complexes à calculer… et pourtant utilisés par plusieurs élus dans leur communication. La définition théorique du nombre de reproduction « R » est pourtant simple : il s'agit d'une « estimation (sur les 7 derniers jours) du nombre moyen de personnes contaminées par un porteur du virus », indique le ministère de la Santé. Attention : il ne faut pas parler de « R0 », qui est le nombre de reproduction initial (avant l'épidémie et les mesures prises pour y faire face).

En réalité, il n'existe non pas un R, mais… plusieurs. Tout dépend de la façon dont on le calcule. Il peut l'être à partir des nombres de cas confirmés en France (Si-Dep), à partir des données de passages aux urgences (Oscour), ou à partir des données d'hospitalisations (Si-Vic). Pour la première fois, Santé publique France a donné cette semaine une estimation basée sur les hospitalisations.

Quel que soit l'indicateur de base, le R est calculé via la méthode scientifique dite « de Cori », du nom d'Anne Cori, coautrice d'une étude sur ce sujet parue en 2013. Plusieurs paramètres sont pris en compte, notamment « le délai moyen d'apparition d'un nouveau cas contaminé par une personne porteuse du virus », détaille le ministère de la Santé. L'épidémie régresse lorsque le R est en dessous de 1, quelle que soit la méthode utilisée pour le calculer.

« Des informations complémentaires sur la dynamique de l'épidémie »

Alors, à quoi cela sert-il d'en avoir plusieurs ? Santé publique France explique que les trois nombres de reproduction « donnent des informations complémentaires sur la dynamique de l'épidémie ». Le premier, à partir des nouveaux cas, « est celui permettant de suivre la dynamique de l'épidémie avec le plus de réactivité ». Sauf qu'avec l'allongement des délais pour avoir les résultats, il n'est désormais plus très pertinent à analyser en temps réel.

Les deux autres, basés sur les passages aux urgences et les hospitalisations, « montrent des tendances plus tardives que les nouvelles contaminations mais s'appuient sur des données moins impactées par l'augmentation des délais de consolidation ». Ils sont ainsi « ceux à suivre en priorité ces prochaines semaines », indique encore Santé publique France dans son dernier point épidémiologique, daté du 24 septembre.

Une fois cela posé, regardons les chiffres. Ces deux R les plus pertinents à analyser sont, au 19 septembre, au-dessus de 1,2 en France métropolitaine. Après un rebond à partir du milieu du mois de juin, les courbes semblent amorcer une baisse depuis plusieurs jours. « Ils sont un peu au-dessus de 1 mais ils baissent. Si nous faisons encore quelques efforts et si nous adoptons les bonnes mesures là où c'est nécessaire, nous pouvons les faire baisser en dessous de 1 et ainsi réduire la circulation du virus », a indiqué Olivier Véran lors de sa conférence de presse, le 23 septembre.

Covid-19 : comment est calculé le fameux nombre  «R» (et comment il faut le lire)

Et on reste de toute façon beaucoup plus bas que les niveaux atteints lors de la première vague (au-dessus de 3).

Un indicateur à croiser avec d'autres

Il y a bien sûr des variations selon les régions. Au 19 septembre, dans six d'entre elles (Auvergne Rhône-Alpes, Centre-Val-de-Loire, Ile-de-France, Nouvelle-Aquitaine, Pays de la Loire et Provence-Alpes-Côte d'Azur), les deux R sont « simultanément significativement supérieurs à 1 ». Ces régions « conjuguent une augmentation des passages aux urgences pour suspicion de Covid-19 et une augmentation des hospitalisations pour Covid-19 », décrypte Santé publique France.

Covid-19 : comment est calculé le fameux nombre  «R» (et comment il faut le lire)

Ce nombre de reproduction est désormais l'une des armes utilisées par plusieurs élus marseillais dans la bataille qu'ils ont engagée avec le gouvernement pour dénoncer les fortes restrictions qui entrent en vigueur ce week-end. La maire de Marseille, Michèle Rubirola, a assuré sur France Inter jeudi qu'il était passé « en dessous de 1 » à Marseille. Notre territoire a un R inférieur à 1, soit un des taux de contamination le plus bas de France », s'est aussi exclamé sur Twitter son premier adjoint, Benoit Payan. Ces élus semblent donc évoquer le R basé sur les nouveaux cas.

Mais ce nombre en dessous de 1 est impossible à confirmer ou à démentir puisque les indicateurs sont dévoilés à l'échelle régionale par les autorités sanitaires.

Quoi qu'il en soit, et cela vaut pour tous les indicateurs, « les valeurs de R ne doivent donc pas être interprétées de façon isolée, mais doivent être mises en perspective avec les autres données épidémiologiques disponibles et l'analyse fine de la situation locale », conclut Santé publique France.