Coronavirus dans les eaux usées : ce que révèlent les dernières données

Les résultats des prélèvements au niveau d’une trentaine de stations du réseau Obépine ont été dévoilés ce lundi. En Île-de-France, la tendance varie selon les zones.

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 Les prélèvements dans les eaux usées permettent d’y détecter des traces de coronavirus.
Les prélèvements dans les eaux usées permettent d’y détecter des traces de coronavirus. LP/Aurélie Ladet

On est bien sûr habitué à chercher le coronavirus SARS-CoV-2 au fond du nez, mais on peut aussi le traquer dans les eaux usées. C'est tout le but du projet Obépine, lancé au printemps dernier par une poignée de chercheurs et soutenu par le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche à hauteur de 3,5 millions d'euros.

Plus de 150 stations de traitement disséminées un peu partout sur le territoire français ont été sélectionnées pour intégrer le réseau de surveillance Obépine. Deux séries de prélèvements sont généralement réalisées chaque semaine. Les résultats d'une trentaine de sites (dont six en Île-de-France) ont été dévoilés ce lundi alors qu'ils étaient jusque-là restés secrets. Certains élus locaux y étaient réticents, de peur notamment d'être pointés du doigt. Seules les courbes en région parisienne, par exemple, avaient parfois été rendues publiques.

Indicateur unique

Le Parisien s'est procuré ces nouvelles tendances, peu avant leur mise en ligne sur le site d'Obépine (les données chiffrées ne sont pas encore en open data en revanche). C'est le gène E du génome du SARS-CoV-2 qui permet d'établir la concentration des eaux usées en virus. Ces données ont ensuite été ramenées à un indicateur unique, afin de pouvoir effectuer des comparaisons entre les stations. Plusieurs critères, comme la pluviométrie et la population couverte par la station (plus ou moins grosse), ont été pris en compte pour cela.

Lorsqu'on est infecté, le virus « intègre aussi le système digestif et on retrouve du génome viral en quantité importante dans les selles des personnes malades », précise Laurent Moulin, responsable du laboratoire de recherche et développement à Eau de Paris, partenaire du projet. L'avantage est de pouvoir détecter la présence du virus de façon beaucoup plus précoce qu'avec un test classique PCR ou antigénique. Car même si on est encore asymptomatique et qu'on n'a pas encore franchi la porte d'un laboratoire ou d'une pharmacie pour se faire tester, le virus peut déjà être présent dans notre corps.

Les nouveaux résultats témoignent de situations qui varient fortement selon les régions, et parfois même au sein d'elles-mêmes. En Île-de-France, par exemple, la tendance à l'augmentation constatée il y a déjà deux semaines à l'échelle régionale semble se confirmer dans certains endroits, mais pas dans d'autres. La concentration en virus est en hausse depuis le milieu du mois de décembre au niveau de Lagny-sur-Marne (Seine-et-Marne). A l'inverse, les courbes sont globalement en baisse depuis plusieurs semaines pour deux des stations du bassin versant de l'agglomération parisienne, celle au sud-est et celle au nord-est de la capitale.

Coronavirus dans les eaux usées : ce que révèlent les dernières données

« Jusqu'à présent, toutes les stations étaient à peu près cohérentes et leurs résultats évoluaient dans le même sens », souligne le mathématicien et professeur à Sorbonne-Université Yvon Maday, cofondateur d'Obépine. Plusieurs explications possibles sont avancées : « peut-être que le variant anglais [qui serait plus contagieux] circule davantage à un endroit qu'à autre, ou qu'il y a des différences de mouvements de population en surface », évoque-t-il. Ces tendances restent cependant à confirmer sur la durée et on reste en tout cas à des niveaux « élevés », semblables à ceux atteints à l'automne dernier.

Un effet du couvre-feu à 18 heures ?

Les relevés montrent aussi une augmentation à Marseille, où « la tendance est à la hausse soutenue depuis les fêtes de fin d'année », écrivent les chercheurs. À l'inverse, les courbes sont reparties à la baisse dans plusieurs villes de l'est de la France, comme Strasbourg et Reims, mais le niveau de concentration en virus y est encore haut.

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Même s'il est encore trop tôt pour établir un lien de causalité, le couvre-feu à 18 heures imposé dans une quinzaine puis 25 départements de la moitié est du pays depuis début janvier ont peut-être participé, localement, à faire repartir à la baisse la concentration des eaux usées en virus.

Là où les courbes montent, on peut craindre que celle des nouveaux cas détectés en surface suive la même tendance quelques jours plus tard. Déjà en Île-de-France, le nombre de nouveaux cas quotidiens (calculé en moyenne sur la semaine écoulée) vient d'augmenter de 10 % en dix jours, d'après Santé publique France. « Quand vous voyez qu'une tendance à la hausse se dégage sur les deux indicateurs, les eaux usées et le nombre de nouveaux cas, il n'y a pas besoin d'être polytechnicien pour comprendre que la situation se dégrade », souligne le virologue à Sorbonne-Université Vincent Maréchal, cofondateur d'Obépine.

Le défi posé par les variants

Comme tout indicateur, celui de la concentration des eaux usées en virus n'est pas à analyser de façon isolée. Il faut donc rester prudent dans la façon de l'interpréter, même s'il peut donner une bonne idée de la situation épidémiologique d'un territoire. Ces données ont été transmises aux différentes autorités régionales de santé. « On pense depuis le début qu'il s'agit d'un indicateur pertinent et précurseur, qui donne une information que les autres n'apportent pas », avance Yvon Maday.

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Il pourrait aussi se révéler crucial alors que la perspective d'un troisième confinement plane en raison de la propagation annoncée des différents variants du virus. Connaître leur proportion dans les eaux usées est d'ailleurs le principal défi auquel font face les chercheurs d'Obépine. Une technique de séquençage a été mise au point, mais il est encore trop tôt pour confirmer qu'elle fonctionne.