La résistance de Cheikh Amoud constitue l'un des maillons de la chaîne des résistances  menées par le peuple algérien contre l'occupation de l'Algérie par la France en 1830.

Cette insurrection constitue la deuxième phase de la lutte menée par les populations Touaregs en 1881 contre les tentatives d'expansion du colonialisme français dans le Sahara Algérien. Ce qui a eu pour conséquences d'entraver cette expansion vers l'extrême sud durant une période considérable.

Après avoir imposé leur mainmise sur tout le nord de l'Algérie, les autorités coloniales commencèrent à s'intéresser au grand Sud en vue de l'occuper, contrôler le commerce au Sahara ainsi que ses richesses, la dernière étape étant de relier l'Algérie aux autres colonies françaises en Afrique occidentale.

La première démarche entreprise par les  Français pour atteindre ces objectifs a consisté à envoyer de prétendues missions d'exploration et de recherche scientifique. Au même moment, celles-ci procédaient à l'inspection et la connaissance des voies de circulation, des puits, du relief et des tribus pour préparer le terrain à l'invasion militaire.

Ces tentatives de colonisation furent confrontées à un refus et une résistance violente dans la région du Hoggar et du Tassili qui a duré environ un demi siècle et occasionné aux Français des pertes considérables, les contraignant à reculer et retardant d'autant la date d'occupation du Sahara.

La première bataille livrée par Cheikh Amoud contre le colonialisme français fut l'attaque de la mission militaire d'exploration commandée par le colonel Flatters et son anéantissement à Oued Tin Trabin, le 16 février 1881. Ceci eut pour conséquence de retarder de vingt ans l'avancée de l'armée française au Sahara et de démontrer la volonté des tribus sahariennes de défendre leurs régions et s'opposer à l'invasion étrangère. Les politiciens et les chefs militaires français furent ainsi amenés à réviser leur stratégie en concentrant leur domination sur les oasis et les villes  situées sur la route commerciale avant de s'aventurer dans les profondeurs du Sahara. Mettant en application le nouveau plan, la France occupera en 1900 les villes de Aïn Salah et Aïn Sefra.

Le 7 Mai 1902, Cheikh Amoud participera également à la bataille de Tit, près de Tamanrasset laquelle s'acheva par l'acceptation par l'Amenokal Moussa Ag Mestan de signer une trêve avec les Français le 21 Janvier 1904, à Aïn Salah. Cet accord stipulait la reconnaissance par l'Amenokal de l'occupation du Sahara par les Français et son engagement à ne pas les attaquer et à œuvrer sous leur autorité.

Cependant, Cheikh Amoud refusa de reconnaître les points de cet accord et réaffirma sa volonté de poursuivre la lutte contre les Français. Il s'opposa donc à eux en 1908 lorsqu'ils tentèrent de s'emparer de Djanet, sa ville natale, les contraignant à reporter la prise de la ville. L'année suivante, ils recommencèrent leur tentative et réussirent grâce à leur supériorité numérique et militaire à entrer dans la ville et la contrôler. La chute de Djanet amena le Cheikh Amoud à se retirer de la région et rejoindre la confrérie des Senoussya en Libye pour participer avec eux à leur lutte contre les Italiens.

Toutefois, Cheikh Amoud reviendra de nouveau au Tassili en 1913 pour diriger la lutte contre l'armée française, commandée par le général Laperrine. Les autorités coloniales eurent en vain recours à diverses méthodes pour tenter de réinstaurer la stabilité et la sécurité au Sahara. Elles commencèrent par  proposer une trêve à Cheikh Amoud mais le leader de la résistance des tribus Touaregs rejeta tout accord avec l'ennemi, préférant poursuivre le combat et la lutte, soutenu en cela par les populations de la région du Hoggar et Tassili.

Cheikh Amoud dirigea de nombreuses batailles contre les troupes françaises entre 1913 et 1923, c'est-à-dire au cours de la dernière étape de son combat en Algérie.

Parmi les batailles les plus célèbres, on citera celle de Djanet en 1918 ainsi que la bataille d'Issako en 1920. Mais l'avancée constante de l'armée française équipée d'un armement des plus modernes a contraint Cheikh Amoud Ben Mokhtar à quitter la région  pour retourner dans la région de Fezzane en Libye en 1923, et s'y installer aux côtés des moudjahidine libyens jusqu'à sa mort en 1928.