La France coloniale avait envisagé la séparation de la plus grande partie du territoire algérien comme conséquence directe de l'évolution qu'a connue la Révolution après 1956. Et pour y parvenir, elle promulgua un certain nombre de mesures législatives et administratives et traça un programme d'exploitation des richesses économiques parallèlement à une série de mesures politiques, administratives et militaires visant à le maintenir hors du contexte de la Révolution en prévision de ce qu'engendrerait l'avenir de la Révolution Algérienne.

Du point de vue économique

- Mise en place de l'organisation commune des régions sahariennes (O.C.R.S)
- Mise en place d'instruments économiques au Sahara
- Création de sociétés sahariennes de développement
- Chambres de commerce
- Mise en place d'un cadre pour la gestion des régions sahariennes
- Mise en place d'un réseau de transports et de communications

Mission et objectifs de l'Organisation contenues dans la loi du 10/01/1957
" Mettre en valeur le Sahara à travers le développement économique de ses régions et la promotion sociale de ses habitants……"
Le rôle dévolu à cette organisation apparaît clairement à travers l'article premier de cette loi. A priori, il est simplement social et économique, visant la promotion de tous les moyens nécessaires en vue d'améliorer le niveau de vie des habitants du Sahara. Cependant l'objectif essentiel pour lequel cette organisation fut mise en place consiste à fournir le cadre nécessaire pour les opérations d'exploitation du pétrole du Sahara.
L'organisation est en effet, le fruit des découvertes de pétroles alors que la partie relative à l'aspect social de cette organisation est un simple leurre visant à attirer les Algériens des régions sahariennes.

Du point de vue politique

- Mise en place en juin 1957 d'un ministère chargé des affaires du Sahara
- Découpage administratif du Sahara en deux départements: la Saoura - les Oasis conformément au décret du 07 août 1957 et le décret du 7 décembre 1960 portant organisation des départements de la Saoura et des Oasis.
- Œuvrer à maintenir le Sahara sous son autorité pour l'exploitation de ses richesses naturelles notamment le pétrole et le gaz qui sont devenus un facteur dynamique pour l'économie française. La France a même vu dans cette matière vivante un moyen de pression pour s'imposer sur la scène internationale , outre ce que la Sahara présente comme espace pour ses expériences nucléaires.
- Tentative de mettre en place des leaderships locaux, alliés à la France
- Internationalisation de la question du Sahara en essayant de faire avaliser le projet à travers lequel le Sahara est présenté comme une mer intérieure à laquelle sont associés tous les pays riverains.
- Œuvrer à mettre en place une entité indépendante au Sahara sous différentes appellations.

Du point de vue militaire

- Renforcement par la France de sa présence militaire plus qu'à aucun autre moment
- Utilisation du Sahara algérien comme champ pour ses expériences nucléaires

Le problème du Sahara a constitué lors des négociations algéro-françaises un autre aspect des manœuvres françaises gaulliennes visant à séparer le Sahara de la partie nord. Le dossier du Sahara est passé graduellement de l'étape du refus de l'intégrer dans les négociations à celle de la reconnaissance de la légitimité des revendications algériennes.
Au départ, le négociateur français à Lucerne, Georges Pompidou, avait exprimé la position de la France en disant: " Il n'y a pas d'intérêt à soulever le problème de la souveraineté sur le Sahara car soulever ce problème signifie rechercher des difficultés non seulement avec la France mais également avec les autres pays. La France procède actuellement au partage de cette région selon le mode le plus judicieux dans un cadre international….Le Sahara est une mer intérieur qui a des riverains parmi lesquels l'Algérie et la France s'oblige à les consulter tous ". Ce à quoi, le négociateur algérien répondit: "Depuis quand la France s'étend-elle de Dunkerque à Tamanrasset, sans passer par l'Algérie?"
C'est ainsi qu'en raison de ce dossier, échouèrent les premières négociations d'Evian entre le 20 mai et le 13 juin 1961 et les pourparlers de Lugrin du 20-28 juillet 1961.

Dans le discours qu'il a prononcé le 05.09.1961, De Gaulle reconnut l'intégrité du territoire algérien et ce en disant : "..En ce qui concerne le Sahara, notre ligne de conduite est celle qui préserve nos intérêts et prend en compte les réalités. Pour ce qui est de nos intérêts, ils consistent en la liberté d'exploiter le pétrole et le gaz que nous avons découverts et ceux que nous découvrirons. Pour ce qui est des réalités, le fait est qu'il n'existe pas un seul algérien - et je suis convaincu de cela- qui ne considère pas que le Sahara doive faire partie intégrante de l'Algérie et qu'il n'y a pas un seul gouvernement algérien, quelles que soient ses positions vis-à-vis de la France, qui accepterait de se défaire de la revendication de la souveraineté sur le Sahara et enfin la réalité est que si un état algérien est créé qui soit associé avec la France, la majorité des habitants du Sahara pencheront vers le rattachement même s'ils n'ont pas revendiqué cela publiquement par le passé! Cela signifie que dans le dialogue algéro français qui va être mené avec le Front de Libération Nationale ou avec tout autre instance représentative telle que celle des élus par exemple, le problème de la souveraineté sur le Sahara ne sera pas prise en considération du moins du côté français..Mais ce qui nous importe, c'est que de cet accord découle un partenariat qui préserve nos intérêts… "
Le discours prononcé par De Gaulle le 5/09/1961 a permis aux cours des négociations algéro-français d'effectuer un bond qualitatif et préparé le terrain à une série de rencontres secrètes entre les deux parties entre la fin octobre 1961 et le 27 janvier 1962, au cours desquelles furent abordées les questions de coopération économique et des intérêts stratégiques et militaires français en Algérie.
Ainsi au cours de la rencontre de Bâle en Suisse, le 28 et 29 octobre 1961, la partie algérienne demanda des précisions autour du problème de la souveraineté algérienne sur le Sahara . Louis Joxe , président de la délégation française a répondu en disant : " En ce qui nous concerne, la question de la souveraineté sur le Sahara ne doit pas être prise en considération dès lors que l'Algérie et la France deviennent associées à travers des accords de partenariat et de coopération …."