Les critères et caractéristiques de l'administration française commencèrent à se préciser avec la nomination du Général Bugeaud aux commandes en Algérie, même si au départ, cette administration constituait un mélange des systèmes administratifs prévalant en France et ceux qui étaient en place en Algérie.
La résistance nationale ainsi que le refus de la société algérienne, son rejet de collaborer avec les Français, les luttes entre civils et militaires jouèrent un rôle déterminant dans la persistance de cette situation jusqu'à l'avènement de la IIIème République qui avait adopté une politique d'assimilation accompagnée de la destruction de tous les critères distinctifs entre l'Algérie et la France et ce, dans tous les domaines de la vie politique, administrative, économique, sociale, culturelle et religieuse.

Le Gouverneur Général:

Ce poste fut créé après la promulgation de la décision d'intégration de l'Algérie le 22 juillet 1834. Le gouverneur général est choisi parmi les officiers supérieurs ayant exercé en Algérie, combattu les autochtones durant de longues années et acquis ainsi une large expérience des us et coutumes et de la langue des autochtones. Il dispose des pleins pouvoirs concernant toutes les affaires politiques, économiques et militaires algériennes.
Durant le règne de Napoléon III, le poste de Gouverneur général fut supprimé en 1858 et remplacé par celui de ministre d'Algérie. Toutefois, le pouvoir impérial français est revenu sur cette décision deux années plus tard en restaurant le poste de Gouverneur Général. La colonie continua à être administrée par un gouverneur général jusqu'à l'avènement de la 3ème République en 1870.
Pour l'administration des affaires de l'Algérie, le Gouverneur général était secondé par deux conseils qui sont le conseil consultatif et le conseil supérieur du gouvernement . La fonction du premier consistait en l'étude des problèmes sociaux, économiques et administratifs.
Le second avait pour fonctions l'étude de la question des impôts et la préparation du budget.

L'administration locale :

Celle-ci avait adopté au premier degré le système des bureaux arabes. Ce système fut adopté par l'administration coloniale en vue de surmonter les difficultés rencontrées par le pouvoir militaire français.
Cette organisation est passée par plusieurs étapes. Ainsi durant la première phase, en 1833, est apparu ce qui fut appelé le cabinet arabe (diwan) qui regroupait des interprètes et spécialistes des affaires arabes. La fonction de ce cabinet consistait à collecter les informations sur les Algériens.
En 1837, cette instance se transforma en Administration des affaires arabes, chargée de faciliter les contacts et les négociations avec les chefs de tribus.
Cependant, l'évolution la plus importante connue par cette organisation eut lieu sous le général Bugeaud en 1844 lorsque fut institué officiellement le système des bureaux arabes. Aux termes de cette organisation, des administrations locales furent créées au niveau des trois départements.
Chaque bureau arabe comprenait un certain nombre d'officiers, placés sous l'autorité d'un officier français ayant grade de colonel, un interprète, un gardien, un secrétaire et un cadi, un percepteur d'impôts et un médecin.
Aux termes du décret ministériel , la mission du bureau arabe consistait à contrôler l'administration locale dans les zones rurales administrées par les caïds, à nommer ou destituer ceux-là ,collecter les impôts , sanctionner les contrevenants et rassembler les informations à caractère politique, social et économique susceptible de servir l'administration coloniale.
- Le système des circonscriptions (départements)

L'administration civile française a connu une évolution avec la promulgation du décret royal du 15 avril 1845 aux termes duquel fut instauré le pouvoir civil dans les zones où se trouvaient les communautés européennes. De même, qu'il fut décidé la création de trois circonscriptions en Algérie: Alger, Oran et Constantine.
Le 9 décembre, les circonscriptions furent supprimées et remplacées par les départements avec création du poste de préfet à la tête de chaque département, sous tutelle du ministre de la guerre, hormis ce qui concerne les affaires de colonisation.

Dans chaque département, existait un conseil composé du préfet et de trois membres. Outre ce conseil, il existait un conseil élu, le Conseil Général, sorte de mini-parlement des colons composé de 15 membres dont les missions consistaient à étudier le budget et les chapitres des dépenses.
En 1858, le nombre de membres du Conseil Régional d'Alger avait atteint 18 membres pour passer à 25 membres en 1860. Dans ce chiffre sont inclus deux musulmans et un israélite, choisis par l'Empereur parmi les notables pour une période de trois ans.

- Les municipalités :

Les débuts de la présence française se sont caractérisés par l'apparition dans les grandes villes, de ce qu'il était convenu d'appeler les comités municipaux mais dès 1834, les municipalités furent mises en place dans les grandes villes. En 1856, leur nombre s'élevait à 47 pour passer ensuite à 71 en 1863.
En 1866, il fut décidé que la désignation du maire et de ses adjoints reviendrait à l'empereur tandis que le préfet procèderait à la nomination du reste des membres du conseil municipal pour une période de cinq années.
Les Français élisaient leurs représentants dans les conseils municipaux alors que les autorités coloniales avaient désigné certains Algériens dans ces conseils en qualité de conseillers municipaux.
La mission de ces conseils consistait à étudier le budget, veiller sur les infrastructures publiques, animer les marchés, entretenir les routes et s'occuper de l'enseignement.
En 1868, sont apparues les communes mixtes dans les zones sous contrôle militaire dotées de commissions composées d'officiers et de conseillers européens, musulmans et juifs.

- Le système des bureaux municipaux :

Ce sont des entités chargées de l'administration des tribus dans la mesure où les responsables français effectuaient des visites hebdomadaires auprès des tribus au cours desquelles ils rendaient la justice, prélevaient les impôts, imposaient les sanctions et les amendes et dans le même temps, procédaient à la collecte de renseignements.
Le personnage du caïd ou ce qu'il était convenu d'appeler l'assistant municipal a joué un rôle important dans ce système. A la tête de chaque douar, il y avait un caïd. Lorsque le régime civil fut généralisé, les Algériens furent administrativement placés sous l'autorité des municipalités par l'intermédiaire du caïd, des chefs de tribus et de leurs agents.

Le pouvoir civil a procédé à la mise en place de mécanismes et outils à travers lesquels il pouvait imposer administrativement sa domination sur les rouages de l'autorité en Algérie et les gérer conformément à ses intérêts. Ces mécanismes concernaient les appareils suivants:

- Le Haut Conseil du Gouvernement

Son rôle consistait à voter et délibérer autour des questions relatives au projet de budget proposé par le Gouverneur Général ainsi que le vote de certains projets d'importance tels que les travaux publics.
Lors de sa constitution, ce conseil était composé des principaux responsables des services gouvernementaux et de délégués des conseils régionaux. Aucun algérien musulman ne figurait parmi ses membres jusqu'à la promulgation du décret du 23 Août 1898 lequel autorisait la désignation de conseillers parmi les Algériens. Par ailleurs, ce décret permettait également aux algériens musulmans membres de ce conseil de bénéficier de tous les droits dont jouissaient les Européens parmi lesquels le droit de délibérer, de voter et émettre des propositions à propos du budget.

- Les délégations financières

Elles furent créées aux termes du décret du 23 août 1898 qui définissaient trois commissions:
- La commission financière des colons résidents
- La commission financière des Français non résidents.
- La commission financière des indigènes

La Loi du 19 décembre 1900 a accordé aux commissions financières le droit de prendre des décisions en matière de budget et de délibérer autour du projet de budget présenté par le Gouverneur Général avant qu'il ne soit soumis au Haut Conseil.
Les délégations financières étaient considérées comme une sorte de parlement particulier visant au premier degré la représentation des contribuables et la consultation de leurs représentants.

- Les Conseils généraux

Dans chaque département existait un conseil général dont la composition était arrêtée par le décret du 23 septembre 1875 et le décret du 24 septembre 1908. Le Conseil général ne comportait pas seulement des Français mais également les algériens musulmans autochtones représentant l'ensemble des indigènes musulmans dans tous les conseils généraux.
Le décret du 27 octobre 1858 stipulait que les membres des conseils généraux pouvaient être choisis, à l'instar des Français, parmi les indigènes. Le même principe fut réaffirmé par les décrets du 11 juin 1870, du 28 décembre 1870 et du 23 septembre 1875 lesquels admettaient définitivement la représentation des indigènes musulmans dans les conseils généraux. Ces textes fixaient le nombre d'indigènes à six par département, confirmés par le décret du 24 septembre 1908, en vertu de leur désignation par le Gouverneur Général dans les conseils généraux des trois départements d'Algérie.
Les conseillers généraux indigènes bénéficiaient des mêmes droits que leurs conseillers généraux français.

- Les conseils municipaux

Dans toutes les municipalités disposant de pleins pouvoirs et relevant du pouvoir civil existait un conseil municipal dont la composition était arrêtée par la loi du 5 Avril 1884 portant organisation administrative des municipalités ainsi que le décret du 7 Avril 1884 relatif à la représentation des indigènes algériens dans les conseils municipaux existant à cette époque, à travers le territoire algérien. Le Conseil Municipal est présidé par le maire ou son représentant et ne se compose pas seulement de Français mais également d'indigènes musulmans algériens.

- Les commissions municipales relevant des communes mixtes

Dans chacune des communes mixtes situées dans les territoires relevant aussi bien de l'autorité militaire que civile, y compris les territoires du Sud, existe une commission municipale dont la composition a été définie par le décret de création du 7 Avril 1884. De ce fait, la composition de la commission municipale dans chaque commune mixte était comme suit:
- Le comptable de la commune mixte, président et en cas d'empêchement ou d'absence, il sera remplacé par l'aide comptable
- Les délégués ou membres français élus par les Français pour une période de quatre ans.
- Les délégués indigènes parmi les chefs de tribus ou de douars situés dans le territoire de la commune mixte.
- Toutefois, dans les communes mixtes situées sur les territoires sous autorité militaire ou bien dans les territoires du sud, la commission municipale était composée de :
- Commandant militaire supérieur, président et en cas d'empêchement ou d'absence, il sera remplacé par le chef du bureau des affaires indigènes.
- Les délégués ou membres français élus par les Français pour une période de quatre ans.
- Les caïds qui sont les chefs des tribus relevant de l'autorité de la commune mixte.

Aux termes du décret du 20 Mai 1868, portant organisation municipale des territoires militaires et du décret du 24 février 1871 relatif à l'organisation municipale dans le Tell, les membres indigènes musulmans algériens dans les commissions municipales jouissent des mêmes droits que leurs collègues français.